Cheval de trait léger par excellence dont les origines remontent à la "grande race germanique" importée par les Burgondes au Vème siècle, les étalons orientaux des Espagnols occupant la Franche-Comté lui apportent la distinction qui caractérise toujours la race comtoise. Alors principale richesse de la région, le cheval comtois sera utilisé au carrosse, à la cavalerie, aux dragons, à l'artillerie et au trait, prisé par la Suisse et l'Italie, largement réquisitionné lors des guerres, de la révolution, du consulat à l'empire et à la guerre de 1870. Ses effectifs diminuent alors dangereusement, il est ensuite menacé de disparition, victime de croisements variés. En 1905, l'élevage se régularise et fait appel à l'utilisation de petits étalons Ardennais bais, sans balzane ni en-tête. C'est en 1919 que quelques éleveurs de la montagne constituent le "Syndicat d'élevage du Cheval Comtois". Dès 1925 la sélection se poursuivra dans l'indigénat.